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看到新发布的 BiocManager 已经改过自新，我觉得是时候完善一下 systemctl for update R packges 了。这回应该两行就够，简单明了：

remotes::update_packages(upgrade = T)
BiocManager::install(update = T, ask = F)

然而，……

Bioconductor 还是一如既往地烦人

• The first problem is SSL conect error, later I find it because BiocManager wants to access https://bioconductor.org/config.yaml

• After the network recovers, BiocManager 的另一个问题是总想着更新 Recommends 的包，但是这是由 apt 管理，用户没权限，然后就报错罢工。我仔细看了参数，无法像 update.packages() 那样指定更新哪些包。

• 后来尝试让R不要找 /usr/lib/R/library/，而使用我指定的目录，结果是至少在 Linux 会很麻烦。

够了，再用 Bioconductor 出品的东西我就不打农药¹！！

向 remotes 求救

转去鼓捣 remotes::install_bioc()：

pkgs <- .packages(T)
is_bioc <- sapply(pkgs, utils::packageDescription, fields = 'biocViews')
bioc_pkgs <- pkgs[!is.na(is_bioc)]

可惜是直接装，不能像 GitHub 那样比较 sha1。

简单粗暴的解决方法

狂人余光创倒是提供了点 思路：setRepositories(ind = 1:2)。有了这条命令之后，不管是 update.packages() 还是 remotes::update_packages() 都能同时帮你更新 CRAN 和 BioConductor 的包了（只需要一行就够，岂不爽哉）。

有一点需要注意：

Bioconductor和R版本绑定，为了确保用户不把包安装在错误的版本上。… 请确保你一直在使用最新版本的R。

不过对我而言倒没什么问题，烦人的 rexseek 我已经专门建了一个 library 解决了。这一点让我体会到，好习惯就应该坚持到底，其它的部分才能很好地配合起来。如果当时将就了，一直用 3.7，现在就会遇到麻烦了。

后记

顺便记一下，remotes::package_deps(.packages(T)) %>% tibble::as_tibble() 能提供我以前很想要的关于包的信息。