automatically update R packages, Bioconductor is annoying as usual
1 cause
看到新发布的 BiocManager 已经改过自新，我觉得是时候完善一下 systemctl for update R packges 了。这回应该两行就够，简单明了：
remotes::update_packages(upgrade = T)
BiocManager::install(update = T, ask = F)然而，……
2 Bioconductor 还是一如既往地烦人
The first problem is
SSL conect error, later I find it because BiocManager wants to access https://bioconductor.org/config.yamlAfter the network recovers, BiocManager 的另一个问题是总想着更新 Recommends 的包，但是这是由 apt 管理，用户没权限，然后就报错罢工。我仔细看了参数，无法像
update.packages()那样指定更新哪些包。后来尝试让R不要找
/usr/lib/R/library/，而使用我指定的目录，结果是至少在 Linux 会很麻烦。
够了，再用 Bioconductor 出品的东西我就不打农药1！！
3 向 remotes 求救
转去鼓捣 remotes::install_bioc()：
pkgs <- .packages(T)
is_bioc <- sapply(pkgs, utils::packageDescription, fields = 'biocViews')
bioc_pkgs <- pkgs[!is.na(is_bioc)]可惜是直接装，不能像 GitHub 那样比较 sha1。
4 简单粗暴的解决方法
狂人余光创倒是提供了点 思路：setRepositories(ind = 1:2)。有了这条命令之后，不管是 update.packages() 还是 remotes::update_packages() 都能同时帮你更新 CRAN 和 BioConductor 的包了（只需要一行就够，岂不爽哉）。
有一点需要注意，不过对我而言倒没什么问题 2：
Bioconductor和R版本绑定，为了确保用户不把包安装在错误的版本上。… 请确保你一直在使用最新版本的R。
5 后记
顺便记一下，remotes::package_deps(.packages(T)) %>% tibble::as_tibble() 能提供我以前很想要的关于包的信息。